吉林医药学院是吉林省惟一独立设置的西医本科院校，始终坚持“地方性、应用型、国际化”的办学宗旨，“立足基层”是学校始终坚持的办学定位，也是着力打造的办学特色。学校高度重视全科医学教育，专设全科医学院统筹全校和附属医院、教学医院全科医学学科专业建设。

院校教育阶段：学校面向全体医学生开设全科医学概论选修课。学校开设临床医学本科专业，2019年，学校恢复临床医学专科招生。学校是全国农村订单定向医学生培养院校联盟副主任委员单位（东北地区唯一，全国七家单位之一），学校自2010年起招收农村订单定向免费医学生，至2020年培养1112人，近三年招生数占吉林省85%。“‘一中心、四导向’临床医学专业人才培养模式的研究与实践”获吉林省教学成果一等奖。

毕业后教育阶段：学校第一临床医学院附属四六五医院是国家临床教学培训示范中心、国家住院医师规范化培训基地、吉林省唯一的助理全科医生培训基地，同时承接全科转岗培训任务。目前，学校正在实施助理全科医生培训与成人专升本学历教育衔接项目。

继续教育阶段：学校是吉林省村级医疗卫生技术人才培训基地和吉林省在岗乡村医生学历教育成人本科临床医学专业唯一委托培养单位，作为牵头单位，引领吉林省村级医疗卫生技术人才培养项目实施，2006年至今该项目共培养乡村医生7000余人，形成了较为完善的基层卫生人才培养培训体系。“基层医疗卫生人才培养模式的研究与实践”曾获吉林省教学成果一等奖。